Bereits vor der Erfindung des Papiers (rund 100 v. Chr. in China) wurden Stoffe und andere Materialien gefaltet. Im Jahr 610 wurde das Papier durch chinesische buddhistische Mönche nach Japan verbreitet, wo das Papierfalten in der Muromachi-Zeit (1333–1568) eine erste und in der Edo-Zeit (1603–1868) eine zweite Blüte erlebte. Da Papier zuerst recht teuer war, dürfte es erst einmal zeremoniellen Faltungen vorbehalten gewesen sein, wie zum Beispiel für Noshi in der Muromachi-Zeit.
Unabhängig davon entwickelte sich die europäische Papierfaltkunst, welche sich von Ägypten und Mesopotamien aus nach Spanien (16. Jahrhundert) und später Westeuropa ausbreitete. Lange Zeit kannte man im Origami nur eine kleine Anzahl traditioneller Modelle wie z. B. den Kranich (Japan) oder den Pajarita (Spanien). Erst der Japaner Akira Yoshizawa (1911–2005), der die traditionellen Vorlagen durchbrach und innovative neue Modelle schuf, brachte eine große Wende. Er entwickelte ein System aus einfachen systematischen Zeichnungen (Diagramme genannt), um Faltanleitungen zu erstellen, die weitergegeben und allgemein verstanden werden konnten. Dieses System ist die Basis für das Yoshizawa-Randlett System, die heute übliche Notation für Faltanleitungen.
Innerhalb kurzer Zeit kam es zu einer Revolution des Origami, die Modelle mit einer Komplexität hervor gebracht hat, die man vorher nicht für möglich gehalten hätte. Eine große Rolle spielten dabei die „Bug-Wars“ (1960er Jahre), ein freundschaftlicher Wettstreit zwischen mehreren Faltern (z. B. Robert J. Lang), der zum Ziel hatte, möglichst lebensechte Käfer und Insekten zu falten – mit allen nötigen Beinen, Fühlern etc. aus einem quadratischen Blatt Papier, ohne Schnitte und ohne Klebstoff. Neue mathematische Forschungen zum Origami wurden unter anderem von Erik Demaine am Massachusetts Institute of Technology (MIT) durchgeführt. Moderne Origamimodelle sind mitunter hochkomplex und benötigen oft mehrere Stunden, um gefaltet zu werden. Trotzdem bevorzugen viele Falter auch heute noch einfache Strukturen und Formen. Manche Falter spezialisieren sich auch auf ganz bestimmte Modelle (z. B. Schachteln).
Nach einer japanischen Legende bekommt derjenige, der 1.000 Origami-Kraniche faltet, von den Göttern einen Wunsch erfüllt. Seit dem Tode des Atombombenopfers Sadako Sasaki, die mit dem Falten von Origami-Kranichen vergeblich gegen ihre durch die Strahlung verursachte Leukämie-Erkrankung ankämpfte, sind Origami-Kraniche auch ein Symbol der internationalen Friedensbewegung und des Widerstandes gegen den Atomkrieg.